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geNomad database

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Zenodo2025-02-18 更新2026-05-25 收录
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资源简介:

Marker database used by geNomad for virus and plasmid identification. <strong>genomad_db_v1.0.tar.gz:</strong> MMseqs2 profile database. Entries are decorated with taxonomy information from a custom taxdump based on ICTV's VMR number 19. <strong>genomad_metadata_v1.0.tsv.gz:</strong> Metadata for all the 227,897 markers. <strong>genomad_msa_v1.0.tar.gz:</strong> Multiple sequence alignments in FASTA format.

本数据集为geNomad用于病毒与质粒识别的标记数据库。<strong>genomad_db_v1.0.tar.gz:</strong> MMseqs2 谱数据库(MMseqs2 profile database),其条目搭载了基于国际病毒分类委员会(International Committee on Taxonomy of Viruses, ICTV)第19版病毒元数据资源(Virus Metadata Resource, VMR)构建的自定义分类转储文件所提供的分类学信息。<strong>genomad_metadata_v1.0.tsv.gz:</strong> 涵盖全部227,897个标记的元数据文件。<strong>genomad_msa_v1.0.tar.gz:</strong> 采用FASTA格式的多序列比对文件。

提供机构:
Zenodo
创建时间:
2022-09-05
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