S68 | HSDBTPS | Transformation Products Extracted from HSDB Content in PubChem

HSDBTPS is a list of metabolites / transformation products extracted from the "Metabolites/Metabolism" section from HSDB (Hazardous Substance Data Bank) in PubChem (https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/source/11933). Dataset DOI: 10.5281/zenodo.3827487. Entries automatically extracted from HSDB are manually validated to remove mismatching CIDs, and add additional CIDs not captured using the descriptions provided. Files are created with a default to not import any data until this has been checked. Please report any mismatches, despite best efforts it is possible that errors are present, all files are under version control so that entries can be corrected/updated/enhanced over time and recommitted. Recent uploads (2022 and later) are handled with ShinyTPs (code + article from Palm et al 2023 DOI:10.1021/acs.estlett.3c00537). The original code associated with this deposit is located here. Updates: 16 May 2020: Added the source file (extract of all HSDB Metabolites/Metabolism entries as is from JSON file), plus an updated S68_HSDBTPS_StructInfoOnly.csv with one new structure and renamed to include S68, plus the first draft of the Transformations table. 28 May 2020: added InChIKey and DIXSID files. 11 June 2020: added updated Transformations and Structure files to contain new CIDs and resulting reactions from new PubChem registrations. Dec 23, 2022: first dataset from Emma Palm added, using her TP curation app. DTXSID file dropped. 23 Mar 2023: added Biosystem and Enzyme columns, filling in biosystem where appropriate. 24 Mar 2023: new azo dye reactions from Emma Palm added. 1 Apr 2023: more azo dye reactions from Emma Palm. 4 Apr 2023: added new CIDs. 27 June 2023: added many new substances, including new CIDs. 28 June 2023 added transformations, 30 June 2023 added new CIDs. 11 July added missing CIDs to transformations table. 18 Nov 2023: added new reactions from Jolly Komolo (no new CIDs). 1 Dec 2023: new reactions from Marie, incl. two new CIDs. 19 Dec 2023: new reactions from Marie, incl. 1 new CID, updated CIDs from Dec 1. 29 April 2024: new reactions from Marie, CID updated. 16 July 2024: added reactions from Olga. 26 July 2024: added BPA=>MBP. 6 Aug 2024: adjusted many triazine names, added one new reaction. 27 Nov 2024: added Griseofulvin reactions. 8 Feb 2025: added Sertraline TP. 14 Mar 2025: added missing CID for O-Demethyl phosphamidon.HSDBTPS是从PubChem（https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/source/11933）中的HSDB（有害物质数据库，Hazardous Substance Data Bank）的“代谢物/代谢”章节提取的代谢物与转化产物列表。本数据集的DOI为10.5281/zenodo.3827487。 从HSDB自动提取的条目需经人工校验，以剔除不匹配的化合物标识符（Compound ID, CID），并补充通过现有描述未捕获的额外CID。所有文件默认在完成校验前不会导入任何数据。请反馈所有匹配错误：尽管已尽最大努力，仍可能存在疏漏；所有文件均处于版本控制系统中，以便后续对条目进行修正、更新与优化，并重新提交。 2022年及之后的近期上传数据由ShinyTPs处理（代码与相关文献来自Palm等人2023年发表的研究，DOI:10.1021/acs.estlett.3c00537）。本数据集存档附带的原始代码可在对应位置获取。 更新记录： 2020年5月16日：新增源文件（从JSON文件中直接提取的全部HSDB代谢物/代谢条目），并更新仅包含结构信息的S68_HSDBTPS_StructInfoOnly.csv文件，新增1个结构并在文件名中添加S68前缀，同时发布转化表格初稿。 2020年5月28日：新增InChIKey与DTXSID文件。 2020年6月11日：更新转化表格与结构文件，纳入新注册的PubChem条目对应的新增CID及相关反应。 2022年12月23日：首次加入由Emma Palm使用其转化产物整理工具生成的数据集，同时移除DTXSID文件。 2023年3月23日：新增生物系统与酶列，并在适用情况下填充生物系统信息。 2023年3月24日：新增Emma Palm提交的偶氮染料相关反应。 2023年4月1日：新增Emma Palm提交的更多偶氮染料反应。 2023年4月4日：新增部分新CID。 2023年6月27日：新增大量新物质，包括新的CID。 2023年6月28日：新增转化反应数据；2023年6月30日：新增新CID。 2023年7月11日：为转化表格补充缺失的CID。 2023年11月18日：新增Jolly Komolo提交的新反应（无新增CID）。 2023年12月1日：新增Marie提交的反应，包含2个新CID。 2023年12月19日：新增Marie提交的反应（含1个新CID），并更新2023年12月1日提交的CID信息。 2024年4月29日：新增Marie提交的反应，更新相关CID。 2024年7月16日：新增Olga提交的反应。 2024年7月26日：新增双酚A（BPA）向单酚酸（MBP）的转化反应。 2024年8月6日：调整多数三嗪类化合物的命名，新增1个反应。 2024年11月27日：新增灰黄霉素（Griseofulvin）相关反应。 2025年2月8日：新增舍曲林（Sertraline）转化产物。 2025年3月14日：为O-脱甲基磷胺（O-Demethyl phosphamidon）补充缺失的CID。