S4 Appendix - The complex evolution and genomic dynamics of mating-type loci in Cryptococcus and Kwoniella

GC content and codon composition/usage analysis. (A) Genome-wide GC content and deviation from genome mean in clade B and D strains included in Fig 2. (B) GC content reduction in the P/R locus relative to genome-wide background (clades C and D). (C) Neutral comparison of noncoding GC in P/R locus vs. chromosome-matched background windows (Test 1). (D) Third-position codon usage (AT3 vs. GC3) in P/R locus vs. background (Test 2). (E) Codon usage and bias metrics in P/R vs. matched background genes (Tests 2 and 3). (F) Statistical tests for codon usage bias in P/R vs. background (Tests 3 and 4). (G) Tests for reduced codon adaptation (CAI) after controlling for GC3 and gene length (Test 4). (XLSX)

GC含量与密码子组成及使用特征分析。
(A) 图2所纳入的B类与D类菌株的全基因组GC含量，及其相对于基因组均值的偏差。
(B) P/R基因座相较于全基因组背景的GC含量降低情况（仅针对C类与D类菌株）。
(C) P/R基因座与染色体匹配背景窗口的非编码区GC含量中性比较（测试1）。
(D) P/R基因座与背景序列的密码子第三位使用特征（AT3与GC3）对比（测试2）。
(E) P/R基因座与匹配背景基因的密码子使用偏好及相关度量指标（测试2与测试3）。
(F) P/R基因座与背景序列的密码子使用偏倚统计学检验（测试3与测试4）。
(G) 在控制GC3与基因长度的前提下，密码子适配指数（Codon Adaptation Index，CAI）降低情况检验（测试4）。
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