Figure S1. Loci statistics boxplots for data derived from [1].
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For each locus, the plots illustrate the distributions of (from top to bottom) per-position entropy, per-position gap score [4], per position conservation score [4], sequence length and GC content.
1. Kawahara AY, Breinholt JW. Phylogenomics provides strong evidence for relationships of butterflies and moths. Proc R Soc B. 2014;281: 20140970.
2. Robinson DF, Foulds LR. Comparison of phylogenetic trees. Math Biosci. 1981;53: 131–147.
3. Kuhner MK, Felsenstein J. A simulation comparison of phylogeny algorithms under equal and unequal evolutionary rates. Mol Biol Evol. 1994;11: 459–468.
4. Capella-Gutiérrez S, Silla-Martínez JM, Gabaldón T. trimAl: a tool for automated alignment trimming in large-scale phylogenetic analyses. Bioinformatics. 2009;25: 1972–1973.
针对每个基因座（locus），该绘图展示了（从上至下）的分布情况：每位点信息熵（per-position entropy）、每位点空位得分（per-position gap score）[4]、每位点保守性得分（per-position conservation score）[4]、序列长度（sequence length）以及GC含量（GC content）。
1. Kawahara AY, Breinholt JW. 系统基因组学为蝶类与蛾类的演化关系提供强有力证据. 《英国皇家学会学报B辑（Proc R Soc B）》. 2014;281: 20140970.
2. Robinson DF, Foulds LR. 系统发育树的比较. 《数学生物科学（Math Biosci）》. 1981;53: 131–147.
3. Kuhner MK, Felsenstein J. 不同进化速率下系统发育算法的模拟比较. 《分子生物学与进化（Mol Biol Evol）》. 1994;11: 459–468.
4. Capella-Gutiérrez S, Silla-Martínez JM, Gabaldón T. trimAl：用于大规模系统发育分析中自动比对修剪的工具. 《生物信息学（Bioinformatics）》. 2009;25: 1972–1973.
创建时间：
2015-05-13
