A workflow for exploring ligand dissociation from a macromolecule: Efficient random acceleration molecular dynamics simulation and interaction fingerprint analysis of ligand trajectories

Containes input data for MD simulations of 3 HSP90- small compound complexes from the paper A workflow for exploring ligand dissociation from a macromolecule: Efficient random acceleration molecular dynamics simulation and interaction fingerprint analysis of ligand trajectories" from Daria B. Kokh, Bernd Doser , Stefan Richter , Fabian Ormersbach , Xingyi Cheng, Rebecca C. Wade, publishe in J. Chem. Phys. 153, 125102 (2020); https://doi.org/10.1063/5.0019088 ref.pdb - structure of the complex in PDB format ref.prmtop - topology file in AMBER ref-equal-NTP.pdb - structure after NTP equilibration ref-equal-NTP.rst7 - coordinates after NTP equilibration ref-equal-NTP.crd - coordinates after NTP equilibration gromacs.gro - coordinates in Gromacs format (after NTP equalibration) gromacs.top - Gromacs topology本数据集包含来自下述论文的3组热休克蛋白90(HSP90)-小分子复合物的分子动力学(MD, Molecular Dynamics)模拟输入数据：《探索大分子配体解离的工作流：高效随机加速分子动力学模拟及配体轨迹相互作用指纹分析》。该论文作者为Daria B. Kokh、Bernd Doser、Stefan Richter、Fabian Ormersbach、Xingyi Cheng、Rebecca C. Wade，发表于《化学物理杂志(J. Chem. Phys.)》153卷，第125102页（2020年），DOI: 10.1063/5.0019088。 ref.pdb —— 采用PDB(Protein Data Bank)格式的复合物结构文件 ref.prmtop —— 采用AMBER(Assisted Model Building with Energy Refinement)格式的拓扑文件 ref-equal-NTP.pdb —— 经NTP平衡后的复合物结构文件 ref-equal-NTP.rst7 —— 经NTP平衡后的坐标文件 ref-equal-NTP.crd —— 经NTP平衡后的坐标文件 gromacs.gro —— 采用Gromacs格式的坐标文件（NTP平衡后） gromacs.top —— Gromacs拓扑文件