Additional file 1 of Comparative genome analysis unravels pathogenicity of Xanthomonas albilineans causing sugarcane leaf scald disease

Additional file 1: Fig. S1. Diseased sugarcane plant with leaf scald disease and chlorotic streak disease symptoms. Left side: X. albilineans cause leaf scald disease. (a), (c) and (d) show leaf scald symptoms after X. albilineans invade sugarcane; (b) Colony of X. albilineans isolated from diseased sugarcane plant; Right side: X. sacchari cause chlorotic streak disease. (a), (c) and (d) show chlorotic streak symptoms after X. sacchari infect sugarcane; (b) Colony of X. sacchari isolated from the diseased sugarcane plant. Fig. S2. Type III secretion system (T3SS) (a), and SPI-1 family (b) of six Xanthomonasspecies. Fig. S3. Type IV secretion system (T4SS) (a), T5SS and T6SS (b) of six Xanthomonas species. Fig. S4. Potential pathogenic factors of six Xanthomonas species, including CRISPR system, Lipopolysaccharide transport system protein, Glycogen, Type III secretion regulators, Two-component system regulators, Three-component system, and TALEs. Fig. S5. Verification of rpfC and rpfH mutations. (a) PCR amplification from the upstream and downstream 500 bp of rpfC. M: 2000 bp; Lane 1: rpfC Gene left arm; Lane 2: rpfC gene right arm. (b) Validation of enzymic fragment ligated with PK18mobsacB, a 500bp upstream and downstream fragment of rpfC gene. M: 5000 bp; Lane 1,2,3：Validation of rpfC recombinant plasmid fragment by enzyme digestion; Lane 4 not included in this experiment. (c) PCR amplified from mutants and its wild type JG43. M:1000 bp; Lane 1, 2, 3; PCR fragment amplified with mutants; Lane 4: PCR fragment amplified with JG43 as template; Lane 5: Water control; Lane 6, 7, 8: Internal primer verification of the target fragment missing in 123, none, which proves the successful deletion of rpfC gene; Lang 9: Internal primer fragment of PCR amplified with JG43 as template. (d)PCR validation of rpfHgene. M:1000 bp; Lane 1:Xcc8004; Lane 2: DD13; Lane 3: JG43; Lane 4: Water control;Lane 5: not included in this experiment. Fig. S6. rpf gene cluster of six Xanthomonas species. Fig. S7. PCR validation of single-base SNPs mutations. (a) PCR validation of single-base SNP mutations of candidate genes in FS 12. M:2000 bp; Lane 1: 1312440-G-C-L; Lane 2: 1312440-G-C-R; Lane 3: 1316566-A-G-L; Lane 4: 1316566-A-G-R; Lane 5: 1316572-A-G-L; Lane 6: 1316572-A-G-R; Lane 7: 1316840-G-A-L; Lane 8: 1316840-G-A-R; Lane 9: 1316855-T-C-L; Lane10: 1316855-T-C-R; Lane 11: 1316974-A-G-L; lane12: 1316974-A-G-R; lane13: 1317164-T-C-L; Lane 14: 1317164-T-C-R; Lane 15: 3055754-G-A-L; Lane 16: 3055754-G-A-R. (b) PCR validation of single-base SNP mutations of candidate genes in FS12 (Lanes 1 and 2), FS25 (Lanes 3 and 4), FS63 (Lanes 5 and 6) and NM10 (Lanes 7 and 8). M:2000 bp; Lane 1: 3055807-G-C-L; Lane 2: 3055807-G-C-R; Lane 3: 2749153-C-T-L; Lane 4: 2749153-C-T-R; Lane 5: 1508978-C-A-L; Lane 6: 1508978-C-A-R; Lane 7:1510223-A-C-L; Lane 8: 1510223-A-C-R. (c) SNP point mutation fusion fragment in FS12. M:2000 bp; Lane 1: 1312440-G-C; Lane 2: 1316566-A-G; Lane 3: 1316572-A-G; Lane 4:1316840-G-A; Lane 5: 1316855-T-C; Lane 6:1316974-A-G; Lane 7: 1317164-T-C. (d) SNP point mutation fusion fragment in FS12. M: 2000 bp; Lane 1:3055754-G-A; Lane 2:3055807-G-C; Lane 3: 3055836-T-G. (e) SNP point mutation fusion fragment in FS25 (Lane 1:2749153-C-T), FS63 (Lane 2: 1508978-C-A), and NM10 (Lane 3: 1510223-A-C). M:5000 bp.

附加文件1：图S1。表现叶烧病与褪绿条斑病症状的感病甘蔗植株。左侧：白纹黄单胞菌（X. albilineans）引发甘蔗叶烧病；(a)、(c)、(d)展示白纹黄单胞菌侵染甘蔗后的叶烧病症状，(b)为从感病甘蔗植株中分离得到的白纹黄单胞菌菌落。右侧：糖蔗黄单胞菌（X. sacchari）引发褪绿条斑病；(a)、(c)、(d)展示糖蔗黄单胞菌侵染甘蔗后的褪绿条斑病症状，(b)为从感病甘蔗植株中分离得到的糖蔗黄单胞菌菌落。

图S2。6株黄单胞菌属（Xanthomonas）菌株的III型分泌系统（Type III secretion system, T3SS）(a)与SPI-1家族(b)。

图S3。6株黄单胞菌属菌株的IV型分泌系统（Type IV secretion system, T4SS）(a)、V型分泌系统（Type V secretion system, T5SS）与VI型分泌系统（Type VI secretion system, T6SS）(b)。

图S4。6株黄单胞菌属菌株的潜在致病因子，涵盖CRISPR系统、脂多糖转运系统蛋白、糖原、III型分泌调控因子、双组分调控系统、三组分系统以及转录激活样效应因子（TALEs）。

图S5。rpfC与rpfH基因突变验证。(a) 针对rpfC基因上下游500 bp区域的PCR扩增。M：2000 bp分子量标记；泳道1：rpfC基因左臂；泳道2：rpfC基因右臂。(b) 验证与PK18mobsacB连接的酶切片段，即rpfC基因上下游各500 bp的片段。M：5000 bp分子量标记；泳道1、2、3：酶切验证rpfC重组质粒片段；泳道4未纳入本实验。(c) 以突变体及其野生型菌株JG43为模板的PCR扩增。M：1000 bp分子量标记；泳道1、2、3：突变体的PCR扩增片段；泳道4：以JG43为模板扩增得到的PCR片段；泳道5：空白对照（无菌水）；泳道6、7、8：针对泳道1、2、3中缺失靶片段的内部引物验证，证实rpfC基因已成功敲除；泳道9：以JG43为模板扩增得到的靶片段内部引物产物。(d) rpfH基因的PCR验证。M：1000 bp分子量标记；泳道1：Xcc8004；泳道2：DD13；泳道3：JG43；泳道4：空白对照；泳道5未纳入本实验。

图S6。6株黄单胞菌属菌株的rpf基因簇。

图S7。单碱基单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism, SNP）突变验证。(a) 针对FS12中候选基因单碱基SNP突变的PCR验证。M：2000 bp分子量标记；泳道1：1312440-G-C-L；泳道2：1312440-G-C-R；泳道3：1316566-A-G-L；泳道4：1316566-A-G-R；泳道5：1316572-A-G-L；泳道6：1316572-A-G-R；泳道7：1316840-G-A-L；泳道8：1316840-G-A-R；泳道9：1316855-T-C-L；泳道10：1316855-T-C-R；泳道11：1316974-A-G-L；泳道12：1316974-A-G-R；泳道13：1317164-T-C-L；泳道14：1317164-T-C-R；泳道15：3055754-G-A-L；泳道16：3055754-G-A-R。(b) 针对FS12（泳道1、2）、FS25（泳道3、4）、FS63（泳道5、6）与NM10（泳道7、8）中候选基因单碱基SNP突变的PCR验证。M：2000 bp分子量标记；泳道1：3055807-G-C-L；泳道2：3055807-G-C-R；泳道3：2749153-C-T-L；泳道4：2749153-C-T-R；泳道5：1508978-C-A-L；泳道6：1508978-C-A-R；泳道7：1510223-A-C-L；泳道8：1510223-A-C-R。(c) FS12中的SNP点突变融合片段。M：2000 bp分子量标记；泳道1：1312440-G-C；泳道2：1316566-A-G；泳道3：1316572-A-G；泳道4：1316840-G-A；泳道5：1316855-T-C；泳道6：1316974-A-G；泳道7：1317164-T-C。(d) FS12中的SNP点突变融合片段。M：2000 bp分子量标记；泳道1：3055754-G-A；泳道2：3055807-G-C；泳道3：3055836-T-G。(e) FS25（泳道1：2749153-C-T）、FS63（泳道2：1508978-C-A）与NM10（泳道3：1510223-A-C）中的SNP点突变融合片段。M：5000 bp分子量标记。