ReferenceSeeker Database
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This repository provides pre-built databases for ReferenceSeeker (https://github.com/oschwengers/referenceseeker) comprising taxon specific databases for complete, reference and representative RefSeq genomes & plasmids as well as GTDB bacteria & archaea and PLSDB plasmids. RefSeq (r221) bacteria: 50,226 archaea: 905 fungi: 557 protozoa: 90 viruses: 14,012 GTDB (v214) bacteria: 80,789 (not contained as it exceeds the standard storage quota - available upon request) archaea: 4,416 plasmids RefSeq: 81,674 PLSDB: 59,882
本仓库为ReferenceSeeker（https://github.com/oschwengers/referenceseeker）提供预构建的分类单元专属数据库，涵盖完整级、参考级及典型级参考序列数据库（RefSeq）的基因组与质粒数据集，同时包含基因组分类数据库（GTDB）的细菌、古菌数据集以及病原体质粒数据库（PLSDB）的质粒数据集。 RefSeq（版本r221）： 细菌：50,226 古菌：905 真菌：557 原生动物：90 病毒：14,012 GTDB（版本v214）： 细菌：80,789（因超出标准存储配额未包含，可按需申请获取） 古菌：4,416 质粒数据库： RefSeq质粒数据库：81,674 PLSDB质粒数据库：59,882
