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Default Lyrebird reference "metapackage" data

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Zenodo2025-07-25 更新2026-05-26 收录
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资源简介:

Lyrebird is a tool for profiling dsDNA bacteriophages in shotgun metagenomes, using the SingleM framework. The data here is the Lyrebird "metapackage" which is the reference package to be used with Lyrebird in e.g. "pipe" mode. https://github.com/wwood/singlem. The latest version is built using HMMs sourced from the PHROGs database v4.1, with dsDNA phage genomes sourced from ICTV MSL 38 and IMG/VR v4.1. Changelog: v0.3.1 Improved viral contamination masking in off-target sequence acquisition. v0.3.0 Greatly improved delineation between microbial and viral sequences v0.2.0 Official release

Lyrebird是一款基于SingleM框架(SingleM framework),用于在鸟枪宏基因组(shotgun metagenomes)中分析双链DNA噬菌体(dsDNA bacteriophages)的生物信息学工具。 本数据集为Lyrebird的"元数据包(metapackage)",即可在如"管道模式(pipe mode)"下与Lyrebird配合使用的参考数据包。项目开源地址:https://github.com/wwood/singlem。 该最新版本采用源自PHROGs数据库v4.1的隐马尔可夫模型(Hidden Markov Models, HMMs)构建,其所使用的双链DNA噬菌体基因组源自国际病毒分类委员会(International Committee on Taxonomy of Viruses, ICTV)MSL 38版本以及IMG/VR v4.1数据库。 更新日志: v0.3.1:优化了脱靶序列获取环节中的病毒污染屏蔽效果。 v0.3.0:大幅提升了微生物序列与病毒序列的区分精度。 v0.2.0:正式发布。

提供机构:
Zenodo
创建时间:
2025-07-25
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