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Supporting dataset for the publication "The Crucial Role of Solvation Forces in the Steric Stabilization of Nanoplatelets"

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Mendeley Data2024-06-27 更新2024-06-27 收录
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https://zenodo.org/record/6832532
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Here, we provide an example of our umbrella sampling simulations (35.6 nm²×1.5 nm, 4 ligand beads, 250k solvent molecules), the input and output data of our WHAM calculations, and free energy curves. Addidional, we provide a modified file of the HOOBAS molecular builder. This file includes the "platelet" class we use to create nonoplatelets in our simulations.

在此,我们提供了伞形采样模拟(umbrella sampling simulations)的示例,该模拟体系的规格为35.6 nm²×1.5 nm,包含4个配体珠(ligand beads)与25万个溶剂分子;同时提供了加权直方图分析方法(Weighted Histogram Analysis Method,WHAM)的计算输入与输出数据,以及自由能曲线。此外,我们还提供了HOOBAS分子构建器的修改版本文件,该文件包含我们在模拟中用于构建纳米片(nanoplatelets)的“血小板类(platelet class)”。
创建时间:
2023-06-28
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