POPC with 0, 10, 20, and 30 mol-% of cholesterol at 310 K. Slipids force field.

Simulations of a POPC bilayer with varying amounts<br> of cholesterol. This data is employed for the NMRlipids<br> project, see <em>http://nmrlipids.blogspot.fi</em> for more information. A POPC bilayer consisting of 200 lipids (100 per leaflet) <br> is simulated in the presence of 0% (0 molecules), 10 %<br> (22 molecules), 20 % (50 molecules), or 30 % (86 molecules)<br> of cholesterol. The Slipids model [1–3] is employed for lipids,<br> and the tip3p model for water. The Slipids force field parameters were downloaded from<br> http://mmkluster.fos.su.se/slipids/ –––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––– The files are in GROMACS format. Trajectory (.xtc) is <br> 100 ns long with data saved every 100 ps. Additionally,<br> the initial structure (.gro), topology (.top), index file (.ndx),<br> binary run input file for GROMACS v. 4.6–&gt; (.tpr) and the<br> energy output file (.edr) are provided together with the run<br> parameter file (.mdp) employed to run all the simulations. UPDATE: Longer 500 ns trajectories are updated together with the checkpoint files. –––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––– [1] Derivation and Systematic Validation of a Refined <br> All-Atom Force Field for Phosphatidylcholine Lipids<br> Joakim P. M. Jämbeck and Alexander P. Lyubartsev<br> The Journal of Physical Chemistry B 2012 116 (10), 3164-3179<br> DOI: 10.1021/jp212503e [2] An Extension and Further Validation of an All-Atomistic <br> Force Field for Biological Membranes<br> Joakim P. M. Jämbeck and Alexander P. Lyubartsev<br> Journal of Chemical Theory and Computation 2012 8 (8), 2938-2948<br> DOI: 10.1021/ct300342n [3] Another Piece of the Membrane Puzzle: Extending Slipids Further<br> Joakim P. M. Jämbeck and Alexander P. Lyubartsev<br> Journal of Chemical Theory and Computation 2013 9 (1), 774-784<br> DOI: 10.1021/ct300777p本数据集为不同胆固醇含量的1-棕榈酰-2-油酰-sn-甘油-3-磷酸胆碱（POPC）双层膜模拟体系，相关数据应用于NMRlipids项目，更多详情可访问http://nmrlipids.blogspot.fi获取。 本模拟体系包含200个POPC脂质分子（每个膜小叶100个），体系中胆固醇摩尔占比分别为0%（0个分子）、10%（22个分子）、20%（50个分子）及30%（86个分子）。脂质采用Slipids力场[1–3]，水分子采用tip3p模型。 Slipids力场参数可从http://mmkluster.fos.su.se/slipids/下载获取。 –––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––– 所有数据文件均采用GROMACS格式。轨迹文件（.xtc）时长为100 ns，每100 ps保存一帧数据。此外还提供了初始结构文件（.gro）、拓扑文件（.top）、索引文件（.ndx）、适用于GROMACS 4.6及以上版本的二进制运行输入文件（.tpr）、能量输出文件（.edr），以及用于所有模拟运行的参数配置文件（.mdp）。 更新说明：更长时长为500 ns的轨迹文件及配套检查点文件已同步更新。 –––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––– [1] 磷脂酰胆碱脂质精细化全原子力场的开发与系统验证 Joakim P. M. Jämbeck、Alexander P. Lyubartsev 《物理化学杂志B》，2012年，116卷(10)，3164-3179 DOI: 10.1021/jp212503e [2] 生物膜全原子力场的扩展与进一步验证 Joakim P. M. Jämbeck、Alexander P. Lyubartsev 《化学理论与计算期刊》，2012年，8卷(8)，2938-2948 DOI: 10.1021/ct300342n [3] 膜谜题的又一片拼图：进一步扩展Slipids力场 Joakim P. M. Jämbeck、Alexander P. Lyubartsev 《化学理论与计算期刊》，2013年，9卷(1)，774-784 DOI: 10.1021/ct300777p