Additional file 1 of Genomic classification and antimicrobial resistance profiling of Streptococcus pneumoniae and Haemophilus influenza isolates associated with paediatric otitis media and upper respiratory infection

Additional file 1: Table S1. Clinical metadata. Table S2. Kraken 2 contig classifications weighted by contig length (% total assembly size) for S. pneumoniae isolates. Table S3. Assembly statistics from Pathogenwatch for S. pneumoniae isolates. Table S4. Serotype, MLST sequence typing, AMR profile, and select clinical metadata for S. pneumoniae isolates. Table S5. Additional AMR predictions compared to clinical metadata for S. pneumoniae isolates. Table S6. Penam resistance hits from CARD results. Table S7. FastANI results for S. pneumoniae isolate 1001 compared to NCBI-Genbank S. pneumoniae strains. Table S8. Sequence type, serotype and AMR profile for S. pneumoniae isolate 1001's closest related S. pneumoniae strains. Table S9. VFDB comparison of virulence factor genes across select S. pneumoniae strains. Table S10. Kraken 2 contig classifications weighted by contig length (% total assembly size) for H. influenzae isolates. Table S11. Assembly statistics from Pathogenwatch for H. influenzae isolates. Table S12. MLST sequence typing and select clinical metadata for H. influenzae isolates. Table S13. Beta-lactamase hits from CARD results.

附加文件1：
表S1 临床元数据。
表S2 肺炎链球菌（Streptococcus pneumoniae）分离株的基于重叠群（contig）长度加权的Kraken 2重叠群分类结果（以组装总大小的百分比计）。
表S3 肺炎链球菌分离株的Pathogenwatch组装统计数据。
表S4 肺炎链球菌分离株的血清型、多位点序列分型（Multi-Locus Sequence Typing，MLST）、抗菌药物耐药性（Antimicrobial Resistance，AMR）谱及精选临床元数据。
表S5 肺炎链球菌分离株的额外AMR预测结果及其与临床元数据的对比。
表S6 综合抗生素耐药性数据库（Comprehensive Antibiotic Resistance Database，CARD）分析结果中的青霉烷类耐药比对命中。
表S7 肺炎链球菌分离株1001与NCBI-Genbank中肺炎链球菌菌株的FastANI分析结果。
表S8 与肺炎链球菌分离株1001亲缘关系最近的肺炎链球菌菌株的序列型、血清型及AMR谱。
表S9 毒力因子数据库（Virulence Factor Database，VFDB）中精选肺炎链球菌菌株间的毒力因子基因比对分析。
表S10 流感嗜血杆菌（Haemophilus influenzae）分离株的基于重叠群长度加权的Kraken 2重叠群分类结果（以组装总大小的百分比计）。
表S11 流感嗜血杆菌分离株的Pathogenwatch组装统计数据。
表S12 流感嗜血杆菌分离株的MLST分型及精选临床元数据。
表S13 基于CARD数据库结果的β-内酰胺酶比对命中。