Supplemental Data for ExoLabel

# Files in this upload ## Analyses See the associated GitHub repository for an explanation of these files. ### RuntimeBenchmark.tar.gz This archive contains the results of the runtime benchmark, in ExoBenchResults.RData. ### RealDataBenchmark.tar.gz This archive contains data used for the real data benchmark in Figure 2 and the supplemental figures of the main text. Source data are contained in SyntheticBenchmarkSourceGraphs.tar.gz - 50GenomeSetBlast_v5.RData: Results from the 50 genome benchmark- 100GenomeSetBlast_v5.RData: Results from the 100 genome benchmark- 200GenomeSetBlast_v5.RData: Results from the 200 genome benchmark- 400GenomeSetBlast_v5.RData: Results from the 400 genome benchmark ### SyntheticBenchmark.tar.gz This archive contains data used for the synthetic LFR graph benchmark in the supplemental information. The synthetic LFR graphs themselves are are stored in SyntheticBenchmarkSourceGraphs.tar.gz. - SyntheticResults.RData: Results of running algorithms on various LFR graphs ## Raw Data ### SyntheticDataSourceGraphs.tar.gz **~120GB uncompressed** This archive contains all source LFR graphs used in the supplemental synthetic data benchmark, stored as RData files. ### RealBenchmarkSourceData.tar.gz **~90GB uncompressed** This archive contains all the disjoint genome sets used in the real data benchmark, stored as TSV files. ### FullPairwiseBlastScores.tar.gz **~250GB uncompressed** This archive contains the raw pairwise BLAST scores used for the real benchmark. ### Assemblies.tar.gz **~10GB uncompressed** This archive contains genome assemblies for each genome used in the benchmark.# 本次上传的文件 ## 分析类文件 相关说明请参阅关联的GitHub代码仓库。 ### RuntimeBenchmark.tar.gz 该归档压缩包包含运行时基准测试的结果，存储于ExoBenchResults.RData（R语言序列化数据文件）。 ### RealDataBenchmark.tar.gz 该归档压缩包包含主文稿中图2及补充图表所用的真实数据基准测试数据，原始数据源存储于SyntheticBenchmarkSourceGraphs.tar.gz。 - 50GenomeSetBlast_v5.RData：50基因组基准测试的结果文件 - 100GenomeSetBlast_v5.RData：100基因组基准测试的结果文件 - 200GenomeSetBlast_v5.RData：200基因组基准测试的结果文件 - 400GenomeSetBlast_v5.RData：400基因组基准测试的结果文件 ### SyntheticBenchmark.tar.gz 该归档压缩包包含补充信息中合成LFR图基准测试所用的数据，合成LFR图本体存储于SyntheticBenchmarkSourceGraphs.tar.gz。 - SyntheticResults.RData：在各类LFR图上运行算法得到的结果文件 ## 原始数据 ### SyntheticDataSourceGraphs.tar.gz **未压缩状态下约120GB** 该归档压缩包包含补充合成数据基准测试中所用的全部源LFR图，存储为RData（R语言序列化数据文件）格式。 ### RealBenchmarkSourceData.tar.gz **未压缩状态下约90GB** 该归档压缩包包含真实数据基准测试中所用的全部非重叠基因组集，存储为TSV（制表符分隔值）格式文件。 ### FullPairwiseBlastScores.tar.gz **未压缩状态下约250GB** 该归档压缩包包含真实基准测试所用的原始成对BLAST（Basic Local Alignment Search Tool，基本局部比对搜索工具）比对得分数据。 ### Assemblies.tar.gz **未压缩状态下约10GB** 该归档压缩包包含基准测试中所用的全部基因组的基因组组装序列。