遇见数据集

OpenFF POPE Simulation (64:64 at 310K)

收藏
Zenodo2023-12-05 更新2026-05-26 收录
官方服务:

资源简介:

128 lipid bilayer (64:64) hydrated with 5120 TIP3P waters. Equilibrated for 100 ns and simulated for 200 ns at 310K. Full input and output from: https://github.com/PEFrankel/OpenFF_Bilayer. Parameters generated by OpenFF Toolkit (Mobley et al., 2018) + Interchange (https://zenodo.org/records/8229243). Forcefield line: 'openff-2.1.0.offxml' from OpenFF Sage (Boothroyd et al., 2023 / https://zenodo.org/records/7889050)

本数据集包含128组64:64配比的脂质双分子层体系,体系经5120个TIP3P水分子水合。该体系先经100纳秒平衡模拟,随后在310开尔文温度下进行了200纳秒的生产模拟。完整的输入与输出文件可通过以下链接获取:https://github.com/PEFrankel/OpenFF_Bilayer。体系的力场参数由开放力场工具包(OpenFF Toolkit,Mobley等,2018)与Interchange软件联合生成,相关存档链接:https://zenodo.org/records/8229243。所用力场文件为'openff-2.1.0.offxml',源自OpenFF Sage力场方案(Boothroyd等,2023,相关存档链接:https://zenodo.org/records/7889050)

提供机构:
Zenodo
创建时间:
2023-12-05
二维码
社区交流群
二维码
科研交流群
商业服务