A spatially resolved transcriptomic and cellular landscape of colitis-associated colon cancer
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Spatial transcriptomics datasets (Xenium Prime and Xenium v1) generated from colitis-associated colon cancer patient samples. Processed data are provided as .h5ad files.CAC_XeniumPrime_integrated.h5ad - Xenium Prime 5K data (default segmentation) with Novae computed niches and Novae spatial niches UMAP CAC_XeniumPrime_integrated_HarmonyUMAP.h5ad - Xenium Prime 5K data (default segmentation) with Novae computed niches with Harmony UMAP CAC_Xenium477_Harmony.h5ad - Xenium v1 dataset with default segmentation. CAC_Xenium477_Proseg_Harmony.h5ad - Xenium v1 dataset resegmented with Proseg v2.0.5 AnnData object summary: - Observations (`.obs`): • group: patient IDs • Subgroup: patient subsets based on SPP1 status • condition: disease type (CAC, UC, HC) • Broad cell types: `level1_abbvr` → 'Epithelial', 'Lymphoid', 'Myeloid', 'Stromal' • More detailed cell types: `level2rev_abbvr` → e.g., Epithelial, T, B, Macro, DC, Glial • Fine-grained cell subtypes: `level3rev_abbvr` Computed features: • Novae cellular neighborhoods: `novae_domains_7_corr`
本数据集为源自结肠炎相关结肠癌患者样本的空间转录组学（Spatial transcriptomics）数据集，涵盖Xenium Prime与Xenium v1两种检测平台的数据。经标准化预处理的数据以.h5ad格式存储，具体文件信息如下： 1. CAC_XeniumPrime_integrated.h5ad：采用默认细胞分割方案的Xenium Prime 5K数据，包含通过Novae计算得到的细胞龛（niche）信息，以及Novae空间细胞龛的统一流形近似与投影（UMAP）降维结果。 2. CAC_XeniumPrime_integrated_HarmonyUMAP.h5ad：采用默认细胞分割方案的Xenium Prime 5K数据，包含通过Novae计算得到的细胞龛信息，且通过Harmony算法完成了UMAP降维整合。 3. CAC_Xenium477_Harmony.h5ad：采用默认细胞分割方案的Xenium v1数据集。 4. CAC_Xenium477_Proseg_Harmony.h5ad：使用Proseg v2.0.5完成细胞重新分割的Xenium v1数据集。 AnnData对象摘要如下： • 观测矩阵（`.obs`）字段信息： • group：患者唯一标识ID • Subgroup：基于SPP1基因表达状态划分的患者亚组 • condition：疾病类型，其中CAC为结肠炎相关结肠癌，UC为溃疡性结肠炎（Ulcerative Colitis），HC为健康对照（Healthy Control） • 宽泛细胞类型：通过`level1_abbvr`字段标注，包含上皮细胞（Epithelial）、淋巴样细胞（Lymphoid）、髓系细胞（Myeloid）、基质细胞（Stromal） • 细化细胞类型：通过`level2rev_abbvr`字段标注，例如上皮细胞、T细胞、B细胞、巨噬细胞（Macro）、树突状细胞（DC）、胶质细胞（Glial） • 精细细胞亚型：通过`level3rev_abbvr`字段标注 计算得到的特征： • Novae细胞邻域：通过`novae_domains_7_corr`字段存储
