Dataset for: A robust phylogenetic framework for ophiostomatoid fungi: orders Ophiostomatales and Microascales (Sordariomycetes, Ascomycota)

Supplementary Files for Mycokeys submission: Dataset for: A robust phylogenetic framework for ophiostomatoid fungi: orders Ophiostomatales and Microascales (Sordariomycetes, Ascomycota)<br>Files are:Microascales:Microascales_7genes_TBAS_noASVs_LOCI_nosp.treefile - Locus treesMicroascales_7genes_TBAS_noASVs_nosp_msa_p1_Btub-out.fas - B-tubulin alignmentMicroascales_7genes_TBAS_noASVs_nosp_msa_p2_EF1a-out.fas - EF1a alignmentMicroascales_7genes_TBAS_noASVs_nosp_msa_p3_ITS-out.fas - ITS alignmentMicroascales_7genes_TBAS_noASVs_nosp_msa_p4_LSU-out.fas - LSU alignmentMicroascales_7genes_TBAS_noASVs_nosp_msa_p5_RPB1-out.fas - RPB1 alignmentMicroascales_7genes_TBAS_noASVs_nosp_msa_p6_RPB2-out.fas - RPB2 alignmentMicroascales_7genes_TBAS_noASVs_nosp_msa_p7_SSU-out.fas - SSU alignmentMicroascales_7genes_TBAS_noASVs_nosp_msa.fasta - concatenated 7-locus alignmentMicroascales_7genes_TBAS_noASVs_nosp_partition.txt - partition fileMicroascales_7genes_TBAS_noASVs_nosp_rooted.treefile - rooted maximum likelihood species treeMicroascales_7genes_TBAS_noASVs_nosp.treefile - unrooted maximum likelihood species treeOphiostomatales:Ophiostomatales_7genes_concat_msa_filtered_MagnaporthalesOG_nosp_p1_Btub-out.fas - B-tubulin alignmentOphiostomatales_7genes_concat_msa_filtered_MagnaporthalesOG_nosp_p2_EF1a-out.fas - EF1a alignmentOphiostomatales_7genes_concat_msa_filtered_MagnaporthalesOG_nosp_p3_ITS-out.fas - ITS alignmentOphiostomatales_7genes_concat_msa_filtered_MagnaporthalesOG_nosp_p4_LSU-out.fas - LSU alignmentOphiostomatales_7genes_concat_msa_filtered_MagnaporthalesOG_nosp_p5_RPB1-out.fas - RPB1 alignmentOphiostomatales_7genes_concat_msa_filtered_MagnaporthalesOG_nosp_p6_RPB2-out.fas - RPB2 alignmentOphiostomatales_7genes_concat_msa_filtered_MagnaporthalesOG_nosp_p7_SSU-out.fas - SSU alignmentOphiostomatales_7genes_concat_msa_filtered_MagnaporthalesOG_nosp.fasta - concatenated 7-locus alignmentOphiostomatales_7genes_concat_partition_filtered_MagnaporthalesOG_nosp.txt - partition fileOphiostomatales_7genes_MagnaporthalesOG_nosp_LOCI.treefile - locus treesOphiostomatales_7genes_MagnaporthalesOG_nosp_rooted.treefile - rooted maximum likelihood species treeOphiostomatales_7genes_MagnaporthalesOG_nosp.treefile - unrooted maximum likelihood species tree

本数据集为《Mycokeys》期刊投稿的补充文件，对应研究论文为《长喙壳类真菌的稳健系统发育框架：长喙壳菌目与小囊菌目（粪壳菌纲、子囊菌门）》，该研究针对子囊菌门（Ascomycota）粪壳菌纲（Sordariomycetes）下的长喙壳菌目（Ophiostomatales）与小囊菌目（Microascales）构建稳健的系统发育框架。所包含的文件如下：

### 小囊菌目（Microascales）相关文件：
Microascales_7genes_TBAS_noASVs_LOCI_nosp.treefile：位点树（Locus trees）文件
Microascales_7genes_TBAS_noASVs_nosp_msa_p1_Btub-out.fas：β-微管蛋白（B-tubulin）外类群比对文件
Microascales_7genes_TBAS_noASVs_nosp_msa_p2_EF1a-out.fas：延伸因子1α（EF1a）外类群比对文件
Microascales_7genes_TBAS_noASVs_nosp_msa_p3_ITS-out.fas：内转录间隔区（ITS）外类群比对文件
Microascales_7genes_TBAS_noASVs_nosp_msa_p4_LSU-out.fas：大亚基核糖体RNA（LSU）外类群比对文件
Microascales_7genes_TBAS_noASVs_nosp_msa_p5_RPB1-out.fas：RNA聚合酶II最大亚基1（RPB1）外类群比对文件
Microascales_7genes_TBAS_noASVs_nosp_msa_p6_RPB2-out.fas：RNA聚合酶II最大亚基2（RPB2）外类群比对文件
Microascales_7genes_TBAS_noASVs_nosp_msa_p7_SSU-out.fas：小亚基核糖体RNA（SSU）外类群比对文件
Microascales_7genes_TBAS_noASVs_nosp_msa.fasta：7基因位点串联比对（concatenated 7-locus alignment）文件
Microascales_7genes_TBAS_noASVs_nosp_partition.txt：分区文件（partition file）
Microascales_7genes_TBAS_noASVs_nosp_rooted.treefile：带根最大似然物种树（rooted maximum likelihood species tree）文件
Microascales_7genes_TBAS_noASVs_nosp.treefile：无根最大似然物种树（unrooted maximum likelihood species tree）文件

### 长喙壳菌目（Ophiostomatales）相关文件：
Ophiostomatales_7genes_concat_msa_filtered_MagnaporthalesOG_nosp_p1_Btub-out.fas：β-微管蛋白（B-tubulin）外类群比对文件（以稻瘟菌目（Magnaporthales）为外类群）
Ophiostomatales_7genes_concat_msa_filtered_MagnaporthalesOG_nosp_p2_EF1a-out.fas：延伸因子1α（EF1a）外类群比对文件（以稻瘟菌目（Magnaporthales）为外类群）
Ophiostomatales_7genes_concat_msa_filtered_MagnaporthalesOG_nosp_p3_ITS-out.fas：内转录间隔区（ITS）外类群比对文件（以稻瘟菌目（Magnaporthales）为外类群）
Ophiostomatales_7genes_concat_msa_filtered_MagnaporthalesOG_nosp_p4_LSU-out.fas：大亚基核糖体RNA（LSU）外类群比对文件（以稻瘟菌目（Magnaporthales）为外类群）
Ophiostomatales_7genes_concat_msa_filtered_MagnaporthalesOG_nosp_p5_RPB1-out.fas：RNA聚合酶II最大亚基1（RPB1）外类群比对文件（以稻瘟菌目（Magnaporthales）为外类群）
Ophiostomatales_7genes_concat_msa_filtered_MagnaporthalesOG_nosp_p6_RPB2-out.fas：RNA聚合酶II最大亚基2（RPB2）外类群比对文件（以稻瘟菌目（Magnaporthales）为外类群）
Ophiostomatales_7genes_concat_msa_filtered_MagnaporthalesOG_nosp_p7_SSU-out.fas：小亚基核糖体RNA（SSU）外类群比对文件（以稻瘟菌目（Magnaporthales）为外类群）
Ophiostomatales_7genes_concat_msa_filtered_MagnaporthalesOG_nosp.fasta：7基因位点串联比对（concatenated 7-locus alignment）文件（以稻瘟菌目（Magnaporthales）为外类群）
Ophiostomatales_7genes_concat_partition_filtered_MagnaporthalesOG_nosp.txt：分区文件（partition file）
Ophiostomatales_7genes_MagnaporthalesOG_nosp_LOCI.treefile：位点树（Locus trees）文件（以稻瘟菌目（Magnaporthales）为外类群）
Ophiostomatales_7genes_MagnaporthalesOG_nosp_rooted.treefile：带根最大似然物种树（rooted maximum likelihood species tree）文件（以稻瘟菌目（Magnaporthales）为外类群）
Ophiostomatales_7genes_MagnaporthalesOG_nosp.treefile：无根最大似然物种树（unrooted maximum likelihood species tree）文件（以稻瘟菌目（Magnaporthales）为外类群）