Senotoxins target senescence via lipid binding specificity, ion imbalance and lipidome remodelling

OVERVIEW This dataset contains molecular dynamics (MD) simulation data supporting Figure 10 of the manuscript. The simulations investigate the membrane-docking helix interactions of the StnIG (TVS1G) octameric pore-forming toxin with three different membrane systems: Proliferating - Symmetric membrane with proliferating cell lipid composition Senescent - Symmetric membrane with senescent cell lipid composition Asymmetric - Asymmetric membrane with PE/PS restricted to inner leaflet SIMULATION DETAILS System Information: Protein: StnIG octamer based on FraC crystal structure (PDB: 4TSY) Replicates: n = 5 independent simulations per system (R1-R5) Duration: 500 ns per replicate Total sampling: 2.5 μs per system (7.5 μs total) Force field: CHARMM36m Temperature: 303.15 K Ion concentration: 150 mM KCl MD engine: GROMACS 2022.4 Key Residues Analyzed: GLN130, TYR133, GLU134, TYR137, TYR138 (α2 helix membrane-docking residues) DATASET CONTENTS Trajectories_Last_10ns/ - Last 10 ns trajectory segments used for Figure 10g RMSF analysis. Each system contains trajectory (.xtc), topology (.psf), and structure (.pdb) files. Analysis_Data/ - Processed contact analysis and RMSF data including all protein-lipid contacts and phosphate RMSF values. Analysis_Scripts/ - Python scripts to reproduce Figures 10B, 10C, 10E, 10F, and 10G. CHARMM-GUI_Input_Files/ - Original CHARMM-GUI system setup files for all three membrane systems. Full documentation including usage examples and detailed file descriptions is provided in the README.md file within the dataset.数据集概述 本数据集包含支撑论文手稿图10的分子动力学（MD, Molecular Dynamics）模拟数据。本模拟研究了StnIG（TVS1G）八聚体成孔毒素与三种不同膜体系的膜停靠螺旋相互作用： Proliferating - 具有增殖细胞脂质组成的对称膜 Senescent - 具有衰老细胞脂质组成的对称膜 Asymmetric - 磷脂酰乙醇胺（PE, Phosphatidylethanolamine）与磷脂酰丝氨酸（PS, Phosphatidylserine）限定于内层小叶的不对称膜 模拟细节 体系信息： 蛋白：基于FraC晶体结构（PDB编号：4TSY）的StnIG八聚体 重复实验：每个体系设置5次独立模拟（编号R1-R5） 单次模拟时长：500纳秒（ns, Nanosecond） 总采样时长：每个体系总采样时长2.5微秒（μs, Microsecond），整体总采样时长7.5微秒 力场：CHARMM36m 温度：303.15开尔文（K, Kelvin） 离子浓度：150毫摩尔（mM, Millimole）氯化钾（KCl） MD模拟引擎：GROMACS 2022.4 分析关键残基：GLN130、TYR133、GLU134、TYR137、TYR138（α2螺旋膜停靠残基） 数据集内容 Trajectories_Last_10ns/：用于图10g均方根波动（RMSF, Root Mean Square Fluctuation）分析的最后10纳秒轨迹片段。每个体系均包含轨迹文件（.xtc）、拓扑文件（.psf）与结构文件（.pdb）。 Analysis_Data/：已处理的接触分析与RMSF数据，涵盖所有蛋白-脂质接触与磷酸根RMSF数值。 Analysis_Scripts/：用于复现图10B、10C、10E、10F及10G的Python脚本。 CHARMM-GUI_Input_Files/：针对三种膜体系的原始CHARMM-GUI体系搭建文件。 本数据集内的README.md文件中包含完整文档，涵盖使用示例与详细的文件说明。