Unique amino acid changes observed in 17 CHIVs detected in China compared to 22 earlier published strains*.

*Twenty-two CHIKV whole-genome sequences were selected for comparison with the imported CHIKVs, including three east/central/south African strains: S27 (GenBank: AF369024), NC004162 (GenBank: NC_004162), and ROSS (GenBank: AF490259); thirteen Indian Ocean strains: IND-00-MH4 (GenBank: EF027139), IND-06-TN1(GenBank: EF027138), CHIK31 (GenBank: EU564335), TM25 (GenBank: EU564334), DRDE-06 (GenBank: EF210157), ITA07-RA1 (GenBank: EU244823), Wuerzburg (GenBank: EU037962), D570/06 (GenBank: EF012359), IND-06-RJ1 (GenBank: EF027137), IND-06-MH2 (GenBank: EF027136), IND-06-KA15 (GenBank: EF027135), IND-06-AP3 (GenBank: EF027134), and LR2006 OPY1 (GenBank: DQ443544); five Asian strains: IND-60-WB1 (GenBank: EF027140), IND-73-MH5 (GenBank: EF027141), AF15561 (GenBank: EF452493), TSI-GSD-218 (GenBank: L37661), and MY002IMR/06/BP (GenBank: EU703759); and one West African strain: 37997 (GenBank: AY726732) [3].

本研究选取22株基孔肯雅病毒（CHIKV）全基因组序列，用于与输入性基孔肯雅病毒开展比对分析。该批序列涵盖4个类群：其一为东/中/南非毒株，共3株：S27（GenBank: AF369024）、NC004162（GenBank: NC_004162）及ROSS（GenBank: AF490259）；其二为印度洋沿岸毒株，共13株：IND-00-MH4（GenBank: EF027139）、IND-06-TN1（GenBank: EF027138）、CHIK31（GenBank: EU564335）、TM25（GenBank: EU564334）、DRDE-06（GenBank: EF210157）、ITA07-RA1（GenBank: EU244823）、Wuerzburg（GenBank: EU037962）、D570/06（GenBank: EF012359）、IND-06-RJ1（GenBank: EF027137）、IND-06-MH2（GenBank: EF027136）、IND-06-KA15（GenBank: EF027135）、IND-06-AP3（GenBank: EF027134）及LR2006 OPY1（GenBank: DQ443544）；其三为亚洲毒株，共5株：IND-60-WB1（GenBank: EF027140）、IND-73-MH5（GenBank: EF027141）、AF15561（GenBank: EF452493）、TSI-GSD-218（GenBank: L37661）及MY002IMR/06/BP（GenBank: EU703759）；其四为西非毒株，共1株：37997（GenBank: AY726732）[3]