Supporting data for: Effect of changing swarm's fastidious boundary value on environmental DNA clustering results

Supporting material for the publication : Effect of changing swarm’s fastidious boundary value on environmental DNA clustering results (working title) by Milena Königshofen and Frédéric Mahé In this study, Königshofen & Mahé use three published metabarcoding SSU rRNA datasets (18S V4, 18S V9 and 16S V3V4 fasta files) to demonstrate the effect of swarm's fastidious option (https://github.com/torognes/swarm). Fasta files are derived from publicly available raw fastq files, following the pre-clustering pipeline available athttps://github.com/frederic-mahe/fred-metabarcoding-pipeline The three original publications are:- de Vargas et al. (2015): V9 eukaryotic data from the sunlit surface layer of the world’s open oceans (doi: 10.1126/science.1261605; bioproject: PRJEB6610),- Mahé et al. (2017): V4 eukaryotic data from surface soils of three lowland Neotropical rainforests (doi: 10.1038/s41559-017-0091; bioproject: PRJNA317860),- Alonso et al. (2020): V3V4 bacterial data from plants stems collected in Chinese rice terraces (doi: 10.1111/1462-2920.15114; bioproject: PRJNA573048).本研究配套发表材料： 《调整swarm严谨边界值对环境DNA聚类结果的影响》（暂定标题） 作者：Milena Königshofen与Frédéric Mahé 本研究中，Königshofen与Mahé使用三套已发表的元条形码（metabarcoding）小亚基核糖体RNA（SSU rRNA）数据集（18S V4、18S V9及16S V3V4的FASTA文件），以验证swarm严谨性选项的作用效果，相关工具的开源地址为https://github.com/torognes/swarm。 本研究所用的FASTA文件均源自公开可用的原始FASTQ文件，通过https://github.com/frederic-mahe/fred-metabarcoding-pipeline提供的预聚类流程处理得到。 本研究依托的三篇原始文献如下： - de Vargas等人（2015）：来自全球开阔海洋透光表层的V9区真核生物数据（DOI: 10.1126/science.1261605；生物项目编号：PRJEB6610） - Mahé等人（2017）：来自三处新热带低地热带雨林表层土壤的V4区真核生物数据（DOI: 10.1038/s41559-017-0091；生物项目编号：PRJNA317860） - Alonso等人（2020）：取自中国水稻梯田植物茎秆的V3V4区细菌数据（DOI: 10.1111/1462-2920.15114；生物项目编号：PRJNA573048）