Táxons associados a proteínas degradadoras de Hidrocarbonetos Policíclicos Aromáticos

Foram consideradas duas estratégias para a prospecção de novas enzimas relacionadas a degradação de Hidrocarbonetos Policíclicos Aromáticos em metagenomas no caso para as famílias de enzimas ALKB, BCOAR, BSSA, CYP153, EXDO, FERRE, INDO, MACR, MCIS, RHDO, RHMO, TDLH descritras por VILCHEZ-VARGAS et al., (2013). Uma baseada no alinhamento das proteínas preditas utilizando para isso o programa de alinhamento DIAMOND (BUCHFINK; XIE; HUSON, 2015) no modo blastp com os demais parâmetros: (E-Value) --evalue 10-5 (porcentagem de identidade mínima para reportar um alinhamento) --id 30 (porcentagem de cobertura mínima da sequência interrogada) –query-cover 90 e (modo de busca mais sensível) --more-sensitive. A outra estratégia é utilizando uma correspondência com modelos HMMs obtidos com o programa FlowerPower (KRISHNAMURTHY; BROWN; SJÖLANDER, 2007), previamente calibrados. Essa estratégia utiliza o programa hmmscore da ferramenta SAM-T2K (KARPLUS et al., 1997). A partir disso também foi feita uma analise taxonomica das ORFs que alinharam tanto com o DIAMOND quanto para o SAM-T2K, dessa forma as planilhas com os taxóns associados esta disponibilizada assim como as sequencias de intersecção das proteinas.本研究采用两种策略，用于从宏基因组中挖掘与多环芳烃（Polycyclic Aromatic Hydrocarbons）降解相关的新型酶类，所针对的酶家族为VILCHEZ-VARGAS等（2013）所报道的ALKB、BCOAR、BSSA、CYP153、EXDO、FERRE、INDO、MACR、MCIS、RHDO、RHMO、TDLH。第一种策略基于预测蛋白质的序列比对，采用比对工具DIAMOND（BUCHFINK、XIE、HUSON，2015）的BLASTp模式，参数设置如下：期望阈值（E-Value）设为10^-5、报告比对所需的最小序列一致性百分比设为30、查询序列的最小覆盖百分比设为90，并开启更灵敏的搜索模式（--more-sensitive）。第二种策略则采用经预先校准的、由FlowerPower工具（KRISHNAMURTHY、BROWN、SJÖLANDER，2007）构建的隐马尔可夫模型（Hidden Markov Models，HMMs）进行序列匹配，该策略借助SAM-T2K工具（KARPLUS等，1997）中的hmmscore程序完成分析。在此基础上，本研究还对同时通过DIAMOND和SAM-T2K比对的开放阅读框（Open Reading Frames，ORFs）开展了分类学分析，相关分类群关联表格以及蛋白质交集序列均已公开提供。