Integrated Microbial Genomes / Viral Resources

Since 2016, the IMG/VR database has provided access to the largest collection of viral sequences obtained from (meta)genomes. The 3rd version of IMG/VR (Sept 2020) is composed of 18,373 cultivated and 2,314,329 uncultivated viral genomes (UViGs), nearly tripling the total number of sequences compared to the previous version. UViGs in IMG/VR are reported as single viral contigs, integrated proviruses, or genome bins, and are annotated with a new standardized pipeline including genome quality estimation using CheckV, taxonomic classification reflecting the latest ICTV update, and expanded host taxonomy prediction. The new IMG/VR interface enables users to efficiently browse, search, and select UViGs based on genome features and/or sequence similarity.

自2016年起，IMG/VR数据库（IMG/VR）便已提供对从（宏）基因组中获取的最大规模病毒序列集的访问权限。2020年9月发布的IMG/VR第三版包含18373条可培养病毒基因组与2314329条未培养病毒基因组（uncultivated viral genomes, UViGs），序列总规模较前一版本几乎提升至三倍。IMG/VR数据库中的未培养病毒基因组以单一病毒重叠群（contig）、整合前噬菌体或基因组分箱（genome bins）的形式存在，并通过全新标准化注释流程完成注释，涵盖使用CheckV进行基因组质量评估、依据国际病毒分类委员会（International Committee on Taxonomy of Viruses, ICTV）最新更新版本开展分类学归类，以及扩展宿主分类学预测功能。全新的IMG/VR界面支持用户基于基因组特征或序列相似性高效浏览、检索并筛选未培养病毒基因组。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

IMG/VR数据库自2016年起提供最大规模的病毒序列集合。其2020年9月发布的第3版包含超过230万个病毒基因组，采用标准化的注释流程，并支持基于基因组特征和序列相似性的浏览与检索功能。