Reciprocal Best Structure Hits (RBSH)

In this work, we are using AlphaFold structure models to find the closest homologues proteins between Homo sapiens and D. melanogaster, C. elegans, S. cerevisiae and S. pombe as well as between S. cerevisiae and S. pombe. We are using the structure aligner Foldseek to run all against all and search for the best scoring hit in both directions to detect the Reciprocal Best Structure Hits (RBSH). We compare the results to protein pairs detected by their sequence similarity as Reciprocal Best Hits (RBH) and verify the results using the PANTHER family classification files. $$ \ $$ Note: This dataset is an updated version of the dataset at https://doi.org/10.17863/CAM.85487.

本研究采用AlphaFold结构模型（AlphaFold structure models），检索智人（Homo sapiens）与黑腹果蝇（D. melanogaster）、秀丽隐杆线虫（C. elegans）、酿酒酵母（S. cerevisiae）、粟酒裂殖酵母（S. pombe）之间，以及酿酒酵母与粟酒裂殖酵母之间的最相近同源蛋白质。本研究使用结构比对工具Foldseek执行全对全比对，并通过双向搜索获取最优得分匹配，以识别双向最佳结构匹配（Reciprocal Best Structure Hits，RBSH）。将上述结果与基于序列相似性识别的双向最佳匹配（Reciprocal Best Hits，RBH）蛋白质对进行对比，并借助PANTHER家族分类文件对结果进行验证。注：本数据集为https://doi.org/10.17863/CAM.85487 所对应数据集的更新版本。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

该数据集利用AlphaFold结构模型和Foldseek工具，在人类与多种模式生物之间检测互惠最佳结构命中（RBSH），以结构相似性替代传统序列相似性进行蛋白质同源性分析。数据集包含多个物种对的预测结果文件，并通过PANTHER家族分类验证，是一个更新版本，发布于2022年并采用开放获取许可。