NPInter

NPInter documents functional interactions between ncRNAs (except tRNAs and rRNAs) and biomolecules (proteins, RNAs and DNAs) by manual literature mining and high-throughput data processing. NPInter 5.0 integrates global RNA-DNA interactions from iMARGI, ChAR-seq and GRID-seq, and collects SARS-CoV-2 related RNA interactions. ncRNA interaction entries have been doubled from 1,100,618 to 2,596,695.NPInter数据库通过人工文献挖掘与高通量数据处理，记录了除转运RNA（transfer RNA，tRNA）和核糖体RNA（ribosomal RNA，rRNA）之外的非编码RNA（non-coding RNA，ncRNA）与生物分子（蛋白质、RNA、DNA）之间的功能性相互作用。NPInter 5.0整合了源自iMARGI、ChAR-seq及GRID-seq的全局RNA-DNA相互作用数据，并收录了与严重急性呼吸综合征冠状病毒2（Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2，SARS-CoV-2）相关的RNA相互作用。该数据库的非编码RNA相互作用条目数已从1,100,618翻倍至2,596,695。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

NPInter是一个记录非编码RNA（除tRNA和rRNA外）与蛋白质、RNA及DNA等功能相互作用的数据集，通过文献挖掘和高通量数据处理构建。其5.0版本整合了iMARGI、ChAR-seq和GRID-seq的全局RNA-DNA相互作用，并收录了SARS-CoV-2相关RNA相互作用，相互作用条目已从110万增至约260万。