PtncRNAdb

PtncRNAdb is the database of Transfer RNA-derived non-coding RNAs (e.g. tncRNAs) identified in a total of 2434 single-end small RNA-seq libraries from 6 plants, viz., Arabidopsis thaliana, Cicer arietinum, Zea mays, Oryza sativa, Medicago truncatula, and Solanum lycopersicum by using tncRNA-Tookit (Zahra et. al., 2021).tncRNAs include well-known shorter tRNA-derived RNA fragments (∼12 to 30 nucleotides) popularly termed as tRFs or tDRs, and longer tRNA halves or tRHs (∼30 to 40 nt).PtncRNAdb是一款收录转运RNA来源非编码RNA（Transfer RNA-derived non-coding RNAs，简称tncRNAs）的专业数据库。该数据库借助tncRNA-Tookit工具（Zahra等，2021），从拟南芥（Arabidopsis thaliana）、鹰嘴豆（Cicer arietinum）、玉米（Zea mays）、水稻（Oryza sativa）、蒺藜苜蓿（Medicago truncatula）、番茄（Solanum lycopersicum）共6种植物的2434个单端小RNA测序文库中鉴定得到的tncRNAs构建而成。tncRNAs包含两类分子：一类是广为熟知的长度约12~30 nt的tRNA来源RNA片段，通常被称为tRFs或tDRs；另一类是长度约30~40 nt的较长tRNA半分子或tRHs。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

PtncRNAdb是一个植物tRNA衍生非编码RNA（tncRNAs）数据库，基于6种植物的2434个小RNA测序文库，利用tncRNA-Tookit工具识别了包括短片段tRFs/tDRs和长片段tRHs在内的tncRNAs。该数据库提供了tncRNA的序列、类型、靶标等详细信息，并支持差异表达分析和BLAST搜索功能。