CANTATAdb

CANTATAdb 2.0 collects 239,631 lncRNAs predicted in 39 species. The database presents, among others, lncRNA sequences, expression values across RNA-Seq libraries, genomic locations, hypothetical peptides encoded by lncRNAs, BLAST search results against Swiss-Prot proteins and non-coding RNAs from NONCODE.CANTATAdb 2.0 收录了39个物种中预测得到的239,631条长链非编码RNA（long non-coding RNA, lncRNA）。该数据库除提供多项核心信息外，还涵盖lncRNA序列、各RNA测序（RNA-Seq）文库中的表达量值、基因组定位信息、lncRNA编码的假想肽段，以及针对Swiss-Prot蛋白质数据库与NONCODE数据库中非编码RNA的BLAST搜索结果。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

CANTATAdb 3.0是一个植物长非编码RNA数据库，涵盖了108个植物物种，共收录571,688个计算预测的lncRNAs。该数据库提供lncRNA序列、RNA-Seq表达值、器官特异性表达信息、进化保守性分析以及潜在的编码肽段等数据，支持BLAST比对功能。