ProteomicsDB

ProteomicsDB是一个蛋白质组学数据库，提供蛋白质、肽段、药物、细胞系等多维度数据的搜索和分析功能。该数据库支持直系同源蛋白分析，并提供API接口供程序化访问。数据库包含肿瘤相关数据，并设有社区和新闻板块，为研究人员提供蛋白质组学领域的最新信息。ProteomicsDB是一款以蛋白质为中心的内存数据库（in-memory database），用于探索大规模基于定量质谱的蛋白质组学数据集。该数据库于2014年首次发布，旨在实现人类蛋白质组首张草图的交互式探索。截至目前，其已收录来自78个项目的定量数据，总计超过19000次液相色谱-串联质谱（LC-MS/MS）实验。其内置标准化分析流程可实现多数据集间的比较分析，助力研究者探索数百种组织、体液及细胞系中的蛋白质表达模式。近期我们对其数据模型进行了扩展，以支持其他定量组学数据的存储与集成可视化，其中包括来自NCBI基因表达综合数据库（NCBI GEO）的转录组学数据、STRING数据库的蛋白质相互作用信息、京都基因与基因组百科全书（KEGG）的功能注释信息、多个公共来源的药物敏感性/选择性数据，以及ProteomeTools项目提供的参考质谱谱图。此次功能扩展将ProteomicsDB转变为一款可连接每种蛋白质的定量信息与元数据的多用途资源。其丰富的用户界面可帮助研究者以蛋白质为中心或以多蛋白质为中心的方式浏览所有数据源。平台提供多种手动下载数据的选项，同时其应用程序编程接口（API）支持系统化获取定量数据。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

ProteomicsDB是一个基于蛋白质的内存数据库，专注于大规模定量质谱蛋白质组学数据的探索。它包含来自78个项目、超过1.9万次LC-MS/MS实验的定量数据，支持跨数百种组织、体液和细胞系的蛋白质表达比较。该数据库已扩展为多功能资源，整合了其他组学数据和元数据，并提供丰富的用户界面及API访问方式。