qPTM

Previously, we developed the qPhos database to host the quantitative phosphoproteome data in Homo sapiens, here we update it to qPTM database for 6 types of PTMs including acetylation, glycosylation, methylation, phosphorylation, SUMOylation, ubiquitylation in 4 different organisms including human, mouse, rat and yeast. Also, the matched proteome datasets were integrated if available. In total, 11,482,533 quantification events for 660,030 sites on 40,728 proteins under 2,596 conditions are collected and integrated in the qPTM database.

此前，我们构建了qPhos数据库，用于存储智人（Homo sapiens）的定量磷酸化蛋白质组数据。本次研究对其进行升级，推出涵盖6种翻译后修饰（Post-translational modification，PTM）的qPTM数据库，涉及的修饰类型包括乙酰化（acetylation）、糖基化（glycosylation）、甲基化（methylation）、磷酸化（phosphorylation）、SUMO化（SUMOylation）与泛素化（ubiquitylation），覆盖人、小鼠、大鼠、酵母4个物种。此外，若存在匹配的蛋白质组数据集，亦将其纳入整合范围。总计，qPTM数据库共收集并整合了2596种实验条件下，40728个蛋白质上660030个修饰位点的11482533个定量事件。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

qPTM数据库是qPhos的升级版本，专注于收集和整合6种翻译后修饰（包括乙酰化、糖基化、甲基化、磷酸化、SUMO化和泛素化）的定量数据，涵盖人类、小鼠、大鼠和酵母4种生物体。该数据库整合了匹配的蛋白质组数据集，总计包含11,482,533个定量事件、660,030个位点、40,728个蛋白质以及2,596个实验条件。