genbio-ai/foundation-models-perturbation

Name: genbio-ai/foundation-models-perturbation
Creator: genbio-ai
Published: 2026-04-05T02:02:41+08:00

Hugging Face2026-02-26 更新2026-04-05 收录

扰动效应预测

基因组学基础模型

数据链接：

https://hf-mirror.com/datasets/genbio-ai/foundation-models-perturbation 数据链接链接失效反馈

官方服务：

资源简介：

Data for the paper "Foundation Models Improve Perturbation Response Prediction" as described on [GitHub](https://github.com/genbio-ai/foundation-models-perturbation).

提供机构：

genbio-ai

Cellular context generalization datasets

细胞生物学

扰动效应预测

For the cellular context generalization scenario, we curated 12 datasets categorized based on the cellular context. These datasets include eight focused on cross-cell line predictions (predicting pert

DataCite Commons2025-01-13 更新140

genbio-ai/fluorescence_prediction_rag

蛋白质工程

荧光强度测量

荧光预测数据集专注于预测绿色荧光蛋白突变体的荧光强度，这对于生物学研究非常重要，可以帮助研究人员推断细胞系和活体生物中蛋白质的存在。这个回归任务使用训练和评估数据集，其中包含三个或更少突变的突变体，与测试数据集形成对比，后者包含四个或更多突变的突变体。每个实例包括一个表示蛋白质序列的字符串和一个表示蛋白质序列荧光分数的浮点值。数据集分为训练集、验证集和测试集三个部分，分别包含21446、5362和

Hugging Face2025-04-09 更新120

genbio-ai/protein-inverse-folding

蛋白质设计

计算生物学

本数据集包含CATH-4.2，TS50和TS500三个数据集，这些数据集经过预处理，适用于AIDO.ProteinIF-16B模型。CATH-4.2数据集由Ingraham等人根据2019年的论文《Generative models for graph-based protein design》准备。TS50和TS500数据集由Li等人根据2014年的论文《Direct prediction of

Hugging Face2025-04-12 更新120

genbio-ai/ssp_q3_rag

蛋白质结构预测

生物信息学

二级结构预测数据集（Q3）是研究蛋白质二级结构的基础数据集。数据集中的蛋白质序列被分类为三种不同的结构元素：H - 螺旋（包括α-螺旋、3-10螺旋和π螺旋）、E - 折叠（包括β-折叠和β-桥）、C - 卷曲（包括转折、弯曲和随机卷曲）。每个实例包括蛋白质序列、结构标签、多重序列比对(MSA)序列和结构嵌入(str_emb)。数据集分为训练集和测试集，分别包含10848和667个实例。

Hugging Face2025-04-09 更新140

genbio-ai/ProteinGYM-DMS-RAG-zeroshot

蛋白质结构预测

机器学习

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Hugging Face2025-05-12 更新120