AtMAD

AtMAD, a public repository for large-scale measurements of genome × transcriptome × methylome × pathway × phenotype associations in Arabidopsis, designed for facilitating identification of eQTL, emQTL, pathway-mQTL, pathway-phenotype, GWAS, TWAS and EWAS. AtMAD identifies candidate variants/methylations/genes for specific phenotypes or biological processes,and provides many associations that were previously unknown in exploring biological mechanisms. All raw data comes from public free databases, including 1001 Genomes, TAIR, AraPheno, AraGWAS Catalog, AraCyc, AtPID and text mining for pubmed, etc.AtMAD是一款用于大规模检测拟南芥基因组、转录组、甲基化组、通路与表型之间关联的公共资源库，旨在助力识别表达数量性状位点（expression Quantitative Trait Locus, eQTL）、甲基化数量性状位点（methylation Quantitative Trait Locus, emQTL）、通路-甲基化数量性状位点（pathway-mQTL）、通路-表型关联（pathway-phenotype）、全基因组关联分析（Genome-Wide Association Study, GWAS）、转录组全基因组关联分析（Transcriptome-Wide Association Study, TWAS）以及表观基因组全基因组关联分析（Epigenome-Wide Association Study, EWAS）。该资源库可针对特定表型或生物学过程筛选候选变异、候选甲基化位点与候选基因，并在探索生物学机制的过程中提供诸多此前未被报道的关联。所有原始数据均取自公开免费数据库，包括1001基因组计划（1001 Genomes）、拟南芥信息资源库（The Arabidopsis Information Resource, TAIR）、AraPheno、AraGWAS Catalog、AraCyc、AtPID以及PubMed文本挖掘数据等。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

AtMAD是一个公开的拟南芥多组学关联数据库，专注于整合基因组、转录组、甲基化组、通路和表型的大规模测量数据，以支持eQTL、emQTL、GWAS等多种关联分析。它帮助识别候选变异、甲基化或基因与特定表型或生物过程的关联，数据来源于1001 Genomes、TAIR等公开免费数据库。用户可通过该数据库浏览、搜索和下载多组学关联信息，便于探索生物机制。