RhizoBindingSites

RhizoBindingSites is a database of conserved DNA regulatory motifs and associated transcription factor (TF) binding matrices (O-matrices: 3187 TFs; S-matrices: 2754 TFs) for rhizobial bacteria. It identifies motifs from upstream sequences of orthologous genes across 9 symbiotic species, enabling the study of transcriptional regulation, regulon construction, TF inter-regulation, and evolutionary comparisons of regulatory mechanisms.根瘤菌结合位点（RhizoBindingSites）是一款面向根瘤菌的数据库，收录了保守DNA调控基序与相关转录因子（transcription factor，TF）结合矩阵，其中O矩阵涵盖3187个转录因子，S矩阵涵盖2754个转录因子。该数据库从9个共生物种的同源基因上游序列中识别调控基序，可用于开展转录调控、调控子构建、转录因子间相互调控以及调控机制进化比较等相关研究。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

RhizoBindingSites是一个根瘤菌保守DNA调控基序和转录因子结合矩阵数据库，包含O-矩阵（3187个转录因子）和S-矩阵（2754个转录因子），通过分析9个共生物种的直系同源基因上游序列来识别基序。该数据库支持转录调控研究、调节子构建、转录因子互调控以及调控机制的进化比较。