Protocoles pour l'analyse des diatomées par métabarcoding

Projet Diat ADN Transfert Transfert vers l’opérationnel de l’outil « diatomées ADN » pour le contrôle de la qualité des milieux aquatiques Livrable : Outils pédagogiques pour la formation à l’analyse des diatomées par métabarcoding La qualité écologique des milieux aquatiques est contrôlée avec une large palette d’outils normalisés. Parmi ces outils, il y a les bioindicateurs, tels que les microalgues et les diatomées en particulier. L’analyse des diatomées est traditionnellement réalisée avec des microscopes (identification et comptage manuels), des listes micro-floristiques sont dressées et permettent de mesurer la qualité écologique des milieux. Ces analyses sont requises dans le cadre de la Directive Cadre Européenne sur l’eau. Des 1000iers d’analyses sont réalisées en France chaque année de cette manière par des laboratoires prestataires spécialisés. L’UMR Carrtel développe depuis 10 ans une méthode automatisée basée sur du séquençage ADN haut débit d’échantillons environnementaux : le métabarcoding. L’identification des séquences d’ADN de diatomées est réalisée par bio-informatique. Cette nouvelle méthode allie précision, régularité, vitesse et réduit les couts. Plusieurs publications scientifiques décrivent cette méthode, mais il manque des publications opérationnelles de ces protocoles et la mise en place de tutorats pour les laboratoires prestataires souhaitant proposer ce nouveau type d’analyse à leurs clients. L’UMR Carrtel est sollicité pour réaliser ce transfert vers des industriels/laboratoires privés. Ce projet, financé par l’Institut Carnot Eau Environnement vise à : -1- mettre en place des outils pédagogiques pour la formation de tuteurs qui seront capables d’assurer un tutorat auprès des entreprises souhaitant mettre en place cette méthodologie dans leurs laboratoires, -2- transférer des protocoles déjà publiés dans des revues scientifiques sous forme de documents techniques directement utilisables. Ces documents seront mis en accès libre (data.inrae.fr). L’accès aux protocoles de la technique ADNe diatomées se fera après remplissage d’un formulaire. Ce formulaire permettra de compléter une BDD sur les utilisateurs et les intéressés par la technique ADNe Diatomées. En remplissant le formulaire, le partenaire acceptera « d'être recontacté dans le cadre d'animation scientifique et par le Carnot Eau Environnement » et s’engagera « à transmettre les informations issues des analyses réalisées avec la méthode ADNe environnement si ces dernières ne sont pas non confidentielles (prescripteur public notamment) » sur une plateforme à déterminer. » -3- mettre en place un protocole et une plateforme en open-access (exemple : data.inrae.fr) pour le dépôt des nouvelles données de séquençage produites par les entreprises. -4- organiser une demi-journée/un atelier sur le sujet à destination des laboratoires publics, laboratoires et entreprises privées pouvant être intéressés par la méthode ADNe appliquée aux diatomées. Cette demi-journée ou atelier aura pour objectif de réaliser une première sensibilisation de ces laboratoires à la méthode, de leur présenter un état des lieux de la technique et d’ouvrir sur des pistes de collaborations envisageables sur l’ADNe avec ces acteurs. Une enquête pourra être remplie par les participants quant à leurs visions de cette méthode (attente, réponse à un besoin, freins à son utilisation,…). L’atelier est envisagé lors de la journée du 12 mars 2021 en lien avec la conférence DNAQUA 2021. Ce DOI liste les protocoles ADNe diatomées (2)硅藻DNA工具实操转化项目——水生环境质量监测应用 ## 交付成果：用于宏条形码分析硅藻的培训教学工具 水生环境的生态质量可通过多类标准化工具开展监测，其中生物指示剂（bioindicator）是核心监测手段，尤以微藻与硅藻为代表。传统硅藻分析依托显微镜完成人工鉴定与计数，并通过构建微藻类群名录来评估环境生态质量。此类分析为欧盟水框架指令（Directive Cadre Européenne sur l’eau）要求的法定检测项目，法国每年有数千次此类检测由专业第三方实验室完成。 法国科研联合单位UMR Carrtel近十年来开发了一套基于环境样本高通量DNA测序的自动化分析方法——宏条形码测序（metabarcoding），通过生物信息学（bio-informatique）手段完成硅藻DNA序列的鉴定。该新型方法兼具精度优异、重复性稳定、检测高效与成本可控的优势。目前已有多篇学术论文对该方法进行阐述，但仍缺乏面向实操的标准化方案文档，以及面向希望开展此类新型检测服务的第三方实验室的配套培训教程。 UMR Carrtel获委托完成该技术向工业/私营实验室的转化工作。本项目由卡诺水环境研究所（Institut Carnot Eau Environnement）资助，目标如下： 1. 开发配套教学培训工具，用于培养技术导师，使其能够为计划在实验室中应用该方法的企业提供专业技术指导； 2. 将已发表于学术期刊的实验方案转化为可直接复用的技术文档，并将所有文档开放获取部署于data.inrae.fr平台。用户需填写专属表单后方可访问硅藻DNA技术相关方案，该表单将用于收集用户与潜在技术使用者的相关信息。填写表单即意味着参与者同意"将被纳入卡诺水环境研究所的科学推广活动联络名单"，并承诺"若相关环境DNA分析结果不涉及保密内容（如针对公共委托方的检测），将在指定平台上传该分析所得的相关信息"； 3. 搭建开放获取的技术协议与数据共享平台（例如data.inrae.fr），用于企业上传其产生的新型测序数据； 4. 面向对硅藻DNA分析技术存在潜在需求的公立实验室、私营实验室与企业，组织一场半日主题研讨会。本次活动旨在向相关实验室初步推广该技术，介绍该技术的当前发展现状，并与参会方探讨可开展的环境DNA合作方向。参会者可填写调查问卷，分享对该技术的看法（如应用预期、需求匹配度、使用障碍等）。该研讨会拟于2021年3月12日举办，与DNAQUA 2021学术会议同期开展。本数字对象唯一标识符（DOI）收录了2篇硅藻DNA技术相关方案文档。