DENV致病机制研究的DENV感染RAW 264.7的蛋白质定量组学测序数据集

（1）细胞培养与病毒感染：RAW 264.7细胞经标准化复苏、传代和培养后，以指定MOI（感染复数）接种DENV病毒液，在适宜条件下吸附后进行感染培养。 （2）蛋白提取：感染后于指定时间点收集细胞，经BCA法进行蛋白定量。 （3）蛋白酶解与标记：将获得的蛋白采用胰蛋白酶消化为肽段，将肽段脱盐处理后在Orbitrap Astral质谱仪上进行DIA检测； （4）质谱数据采集：对所有LC-MSMS检测得到的所有DIA原始数据导入DIA-NN进行分析，基于DIA-NN输出的蛋白定量结果进行生物信息分析流程。提取的线粒体蛋白经还原烷基化处理后，加入胰蛋白酶进行酶解。酶解后的多肽采用TMT（串联质谱标签）试剂进行标记。 （5）数据检索与定量分析：1）根据样本的来源情况构建样本特异性蛋白数据库，然后采用分析软件进行数据库搜索；2）基于数据库搜索的结果进行肽段和蛋白水平的质控分析；3）进行蛋白的定量分析，包括定量分布和重复性分析，同时展示样本定量强度值分布结果;4）对鉴定到的蛋白进行常见功能注释；5）差异蛋白筛选：包含差异显著性检验，差异数目统计。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

该数据集由贵州医科大学提交，数据来源为自行产生，规模2.0MB且无更新周期，主要用于DENV感染RAW 264.7细胞后宿主线粒体蛋白组的蛋白质定量组学测序分析。其流程包括细胞培养与DENV感染、蛋白提取、胰蛋白酶酶解、TMT标记及Orbitrap Astral DIA检测，并经DIA-NN、数据库检索、质控、定量、功能注释和差异蛋白筛选获得结果。应用上旨在揭示DENV感染诱导线粒体功能障碍的分子机制，筛选差异表达线粒体蛋白和可干预宿主靶点，为宿主导向抗DENV疗法提供蛋白层面数据支撑。