SalmoBase

SalmoBase is an integrated molecular resource for Salmonid species which includes visualizations and analytic tools. The genome of the Atlantic salmon (Salmo salar) has undergone extensive restructuring since a whole genome duplication event ~80 million years ago, which creates opportunities to explore the evolutionary process of rediploidization. A public genome assembly is available and ordered into 29 chromosome files. SalmoBase includes a GBrowse interface for exploring the chromosome sequence as well as BLAST functionality and links to expression levels, gene and SNP information. Using public RNAseq data 37,000 high confidence protein coding genes have been identified, wherein almost half show splice variants.SalmoBase是一款面向鲑科物种的整合型分子资源平台，集成了可视化功能与分析工具。大西洋鲑（Salmo salar）的基因组在约8000万年前的全基因组复制事件后经历了广泛的结构重排，这为探索重二倍体化的进化过程提供了关键研究契机。目前已有公开的基因组组装结果，并被锚定整理为29条染色体文件。SalmoBase内置GBrowse基因组浏览器界面，用于浏览染色体序列，同时提供BLAST功能，以及与基因表达水平、基因和单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism, SNP）相关的信息链接。研究团队借助公开的RNAseq数据，已鉴定出37000个高可信度的蛋白质编码基因，其中近半数存在可变剪接变体。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

SalmoBase是一个专注于鲑科鱼类的集成分子资源数据库，提供包括大西洋鲑在内的多个物种的基因组组装、可视化工具（如JBrowse）和分析功能（如BLAST）。该平台旨在支持对鲑科鱼类全基因组复制后的进化过程进行研究，并公开了基因注释、表达数据等资源。