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杭州微数生物科技有限公司
企业杭州微数生物科技有限公司成立于2020年，属研究和试验发展，主营第三类医疗器械经营。面向真菌鉴定、ITS序列分析、微生物学等领域提供数据服务，开放制药、化妆品、食品、环境、临床领域真菌鉴定ITS参考序列（真菌鉴定、ITS序列分析）、制药、化妆品、食品、环境、临床领域细菌基因组参考序列数据（微生物学、基因组学）、制药、化妆品、食品、环境、临床领域微生物表型和风险数据（微生物风险评估、行业应用），支撑监测研判与运维优化。
真菌鉴定ITS序列分析微生物学研发服务高新技术企业
数据集列表
鲍曼不动杆菌多糖编码序列与糖基转移酶数据
（1）新型疫苗靶点筛选，通过分析不同血清型鲍曼不动杆菌的糖基转移酶差异，快速锁定保守且暴露于菌体表面的抗原蛋白，加速多价疫苗的研发进程。
（2）耐药机制解析，糖基化修饰常与细菌的耐药性及免疫逃逸相关。该数据可帮助研究人员分析特定糖基转移酶突变如何影响脂多糖结构，进而揭示鲍曼不动杆菌的耐药表型的分子机制。
（3）合成生物学改造：标准化的“序列-结构-功能”记录为鲍曼不动杆菌的异源表达特定荚膜多糖提供了蓝图，可用于构建工程菌以生产高价值的糖类抗原。本研究基于已发表专业文献、公共生物数据库，整合多糖合成碎片化原始数据，构建鲍曼不动杆菌血清型多糖功能通路数据集，整体分为三步处理流程。
第一，多维度数据整合关联。从 NCBI 基因组库、糖基转移酶专业数据库、中英文期刊文献获取鲍曼不动杆菌多糖相关原始数据；通过文本挖掘批量提取信息并辅以人工核验，汇总多糖合成基因、糖基转移酶序列数据集，建立菌株血清型与多糖生化反应的对应映射关系，将文献无结构化实验描述程序化转换为可存储结构化数据。
第二，生物通路重构与标准化。筛选多糖合成酶促反应数据，遵循五条鲍曼不动杆菌多糖合成生物学规则重构通路：1. 荚膜多糖 CPS、O 抗原、生物膜 PNAG 合成基因集中于染色体 fkpA–lldP 区间 KL 基因座，分四大固定功能模块，模块顺序不可更改；2. 所有荚膜多糖遵循胞内组装 - 内膜翻转 - 周质聚合 - 外膜分泌固定时序，生化反应严格排序；3. 菌株血清型由 KL 分型区分，分型差异仅来源于特异性糖基转移酶、聚合酶、糖修饰酶三类可变元件；4. 各步酶促反应存在严格底物专一性，以此剔除存在矛盾的零散实验数据；5. 通路构建需耦合菌株基因敲除、毒力表型等生理实验证据。依据上述规则整合分散实验证据，搭建各血清型专属多糖合成通路；统一生化反应、糖基转移酶命名规范，消除文献间术语差异，保证数据集标准统一。
第三，通路与基因序列关联匹配。借助蛋白结构预测工具完成糖基转移酶三维建模，结合分子对接模拟分析酶与糖底物结合特异性；将标准化多糖通路信息匹配对应多糖合成基因、糖基转移酶蛋白编码序列，融合基因组原始序列与生化实验证据，形成完整多糖功能综合数据集。
数据字段说明如下："id"：记录唯一主键
"antigen_type"：抗原类型，特指 K 荚膜血清型（K1、K2 等）
"enzyme"：酶或蛋白 NCBI 编号
"linkage"：完整糖苷键与产物结构描述；
"donor"：糖基供体（Donor substrate）
"acceptor"：糖基受体（Acceptor substrate）
"linkage_type"：糖苷键的类型或连接位点。
"annotation"：酶的注释信息或功能分类。
"ocl"：OCL（Operon/Cluster Locus，基因簇/操纵子位点标识）
浙江省数据知识产权登记平台2026-09-05 更新110
鲍曼不动杆菌多糖编码序列与糖基转移酶数据
（1）新型疫苗靶点筛选，通过分析不同血清型鲍曼不动杆菌的糖基转移酶差异，快速锁定保守且暴露于菌体表面的抗原蛋白，加速多价疫苗的研发进程。
（2）耐药机制解析，糖基化修饰常与细菌的耐药性及免疫逃逸相关。该数据可帮助研究人员分析特定糖基转移酶突变如何影响脂多糖结构，进而揭示鲍曼不动杆菌的耐药表型的分子机制。
（3）合成生物学改造：标准化的“序列-结构-功能”记录为鲍曼不动杆菌的异源表达特定荚膜多糖提供了蓝图，可用于构建工程菌以生产高价值的糖类抗原。
浙江省数据知识产权登记平台2026-08-24 更新70
环境致病菌多维风险评分数据集
本数据集可应用于制药、生物医药、医疗器械、食品饮料、化妆品、电子半导体、精密制造等工业领域，同时覆盖医疗机构、公共卫生空间、科研实验室、水质管网系统、公共人居环境等各类受控及密闭场景。主要用于环境致病菌筛查、多维风险量化评分、微生物污染溯源、洁净环境管控、院感防控、生产质量安全管理、环境消杀优化、行业合规审查、风险趋势研判与智慧环境监测等工作。从已发表生物医学文献中，挖掘梳理目标微生物的各类风险特征，把零散的非结构化文本内容，整理为规范可用的结构化风险评估数据。整套分析流程主要分为文本语义解析、多维度指标统计、数据统一标准化三个关键步骤。
首先利用自然语言处理（NLP）技术，结合微生物领域专属的实体识别规则与匹配逻辑，批量检索筛查文献摘要及全文内容。在定位目标微生物名称的基础上，结合上下文语境综合判断，甄别文献内容是否围绕该微生物的致病性、耐药性、传播性三大核心风险方向展开研究与论述。
完成文献筛选与类别划分后，针对各类目标微生物，分别统计关联文献总量，以及单独对应致病性、耐药性、传播性三大风险方向的文献数量，完成基础数据汇总，为方便不同微生物风险水平横向对比，对各项统计原始数据做对数优化处理。采用换算公式：Score=log10 (N+1)，式中 N 为各风险维度的文献统计数量，经计算得出各个关键词的标准化风险分值。
数据字段中文说明： Keyword：关键词
Total:总出现次数 Pathogenecity(P)：致病性指数 Resistance(R)：耐药性指数 Transmissibility(T)：传播性指数 Pathogenecity：标准化后的致病性指数 Resistance：标准化后的耐药性指数 Transmissibility：标准化后的传播性指数
浙江省数据知识产权登记平台2026-08-18 更新70
制药、化妆品、食品、环境、临床领域微生物表型和风险数据
帮助生产企业有效的获得微生物的特性和风险信息，从而实现从表型上对不同微生物进行初步区分，满足低等级洁净区域低风险区域的一些初步鉴别需要；识别环境、原辅料、产品、公用设施中的代表性物种，帮助筛选用于工艺或者消毒剂挑战的代表性菌株；识别微生物污染的可能来源；增加趋势分析的维度，识别与控制相关的高级环境微生物的分布特征，以便更有针对性的采取控制措施；评估微生物在产品中存活和繁殖潜力；评估检出微生物是否可能对药品的应用者具有潜在的健康风险。本数据库是根据《伯杰氏系统细菌学手册》以及国际系统与进化微生物学等权威论著的物种描述为基础，利用文本挖掘获取关键表型特征字段和值，并结合集各国监管部门公开发布的风险信息构建而来，是包含物种的形态、生理生化特性、代谢、分离来源和致病性信息，同时关联制药、食品、化妆品等真实世界召回等风险的数据库。
浙江省数据知识产权登记平台2024-05-16 更新380
制药、化妆品、食品、环境、临床领域细菌基因组参考序列数据
细菌物种鉴定的金标准是DNA：DNA杂交，随着于下一代测序技术的发展，越来越多的细菌基因组已经在公共数据库中可用，基于整个基因组的平均核苷酸同源性（ANI）等算法可以取代目前的细菌物种划分的实验金标准。本数据库可应用于细菌基因组的精准鉴定、菌相关产品质量控制、菌株资源挖掘和感染疾病诊断等。从NCBI收集细菌基因组组装数据，并根据文献调查合格发表情况确定合格发表物种和代表性菌株，根据基因组质量（污染率小于5%，完整度大于90%），通过进化分析去除分类错误菌株，并更正名称和ICNP同步，建立了一个高质量细菌模式菌株基因组数据库。
浙江省数据知识产权登记平台2024-05-16 更新670
受控环境微生物菌群指纹图谱数据
本数据主要服务于各行业受控环境的无菌保障、洁净管控与微生物污染防控体系搭建，可覆盖全行业合规洁净与密闭受控生产作业场景。
内容既包含制药行业 GMP 标准洁净体系（A/B/C/D 级洁净区、无菌操作核心区、纯化水及注射用水系统、HVAC 净化系统、洁净工艺设备管路等），也广泛适配生物医药、医疗器械、食品饮料、化妆品、电子半导体、科研实验室、医疗消杀、精密制造等行业的标准化受控环境，全面支撑各类场景下的微生物监测、菌种鉴定、污染溯源及风险趋势分析。在将原始微生物测序数据转化为结构化的菌群指纹图谱，主要包含数据清洗、特征筛选、比例标准化及图谱构建四个核心步骤。具体算法规则如下：
1. 低频物种过滤算法
为了消除测序误差和环境背景噪声的影响，算法首先对原始物种丰度数据进行清洗。采用相对丰度阈值法，剔除占比过低的物种：
判定规则：若某物种在单个样本中的原始检出频数占比小于预设的0.01%，则判定为低频噪声。
处理动作：将该物种的丰度值置为 0，并从当前样本的特征向量中移除。
2. 比例标准化计算方法
对清洗后的数据进行归一化处理，计算各物种在样本中的相对占比，形成标准化的指纹特征向量。
计算逻辑：
物种相对比例 = (该物种清洗后的有效频数 / 样本中所有保留物种的总频数) × 100%
3. 多维指纹图谱构建
基于上述计算结果，算法将每个样本转化为一个由"物种名称-比例数值"组成的特征记录。其中一、二级分类属于样本采样来源业务标注，一级分类代表受控环境中样本来源的大分类，比如制药环境中的一级分类一般有水系统、空气、环境、设备表面、标准菌株等等；二级分类代表样本的细分来源类型，根据一级分类再进行详细的划分。将特征向量与样本对应的一、二级采样标注进行关联，最终构建出结构化的微生物菌群指纹图谱数据集。
浙江省数据知识产权登记平台2026-09-04 更新70
受控环境微生物菌群指纹图谱数据
本数据主要服务于各行业受控环境的无菌保障、洁净管控与微生物污染防控体系搭建，可覆盖全行业合规洁净与密闭受控生产作业场景。
内容既包含制药行业 GMP 标准洁净体系（A/B/C/D 级洁净区、无菌操作核心区、纯化水及注射用水系统、HVAC 净化系统、洁净工艺设备管路等），也广泛适配生物医药、医疗器械、食品饮料、化妆品、电子半导体、科研实验室、医疗消杀、精密制造等行业的标准化受控环境，全面支撑各类场景下的微生物监测、菌种鉴定、污染溯源及风险趋势分析。
浙江省数据知识产权登记平台2026-08-21 更新90
环境致病菌多维风险评分数据集
本数据集可应用于制药、生物医药、医疗器械、食品饮料、化妆品、电子半导体、精密制造等工业领域，同时覆盖医疗机构、公共卫生空间、科研实验室、水质管网系统、公共人居环境等各类受控及密闭场景。主要用于环境致病菌筛查、多维风险量化评分、微生物污染溯源、洁净环境管控、院感防控、生产质量安全管理、环境消杀优化、行业合规审查、风险趋势研判与智慧环境监测等工作。
浙江省数据知识产权登记平台2026-08-04 更新70
制药、化妆品、食品、环境、临床领域真菌鉴定ITS参考序列数据
制药、化妆品、食品、环境、临床领域发现的真菌经过ITS序列测序后，利用获得的ITS序列通过和本参考数据库序列联配进行真菌种属水平鉴定，以实现污染菌调查、监控、菌种资源的初步筛选，质控菌的确认等目的。微数通过查阅真菌根据ICN发表的的物种及代表菌株清单，通过匹配NCBI nucleotide数据库，并通过进化分析、完整度检查（即包含ITS1和5.8S rRNA基因以及ITS2区域）清洗不合格序列，并通过第三方训练的数据库进行比较、阳性样本序列分析进行数据库的确认。
浙江省数据知识产权登记平台2024-05-16 更新1230
制药、化妆品、食品、环境、临床领域细菌16S 参考序列数据
制药、化妆品、食品、环境、临床领域发现的微生物经过16S rDNA序列测序后，利用获得的16S rDNA序列通过和本参考数据库序列联配进行细菌种属水平鉴定，以实现污染菌调查、监控、菌种资源的初步筛选，质控菌的确认等目的。微数通过查阅细菌合格发表文献、伯杰氏手册从公共数据库筛选合格发表的物种及代表菌株的16S rDNA序列，并通过进化分析、完整度检查（完整度大于70%）和质量检查（兼并碱基小于2%），建立高质量的16S rDNA数据库，并通过第三方训练的数据库进行比较分、阳性样本序列进行数据库的确认，最终建立高质量16S rDNA数据库，N碱基大于等于10比例低至0.7%以下，小于1100bp区域的不完整序列低至2%以下，优于目前的公开数据库。
浙江省数据知识产权登记平台2024-05-16 更新270